В фильме говорится, что Филипп является другом детства царя, но митрополит родился в 1507 году, а Иван Грозный в 1530 г.

---

События в фильме разворачиваются в период между 1565 и 1568 годами. Ивану IV, родившемуся в 1530 году, в этот момент 35-38 лет. Петру Мамонову, исполнившему роль царя, на момент съемок было 57-58 лет.

---

Во время своей публичной казни Иван Колычев читает псалом 90, делая несколько ошибок.

---

Архиепископ Пимен в фильме показан как подвижник и сочувствующий Филиппу, хотя известно, что «он был одним из обвинителей митрополита Филиппа на соборе 1568 года и вместе с суздальским епископом Пафнутием помог царю инсценировать судебное разбирательство о недостойных поступках митрополита в бытность его соловецким игуменом».

---

В фильме царь приказывает сослать свою супругу Марию Темрюковну в монастырь незадолго до казни Филиппа, и она присутствует при несостоявшейся казни бывшего митрополита. Однако, согласно историческим данным, опале она подверглась несколькими годами ранее: в феврале 1565 года царь переехал в Александрову Слободу, оставив супругу в Москве и приказав не выпускать её из Кремля. Умерла Мария Темрюковна раньше Филиппа на три месяца — 6 сентября 1569 года, — после совместного путешествия с супругом в Вологду на богомолье в Александрову слободу.

---

После приговора Филипп содержался в Успенском монастыре, затем в монастыре Николы Старого в Китай-Городе, после чего был переведён в Тверь. В фильме показан лишь один монастырь.

---

В фильме говорится про то, что Полоцк был сдан без боя. В действительности же город был взят после 20-дневной осады. Также один из воевод говорит, что польские войска возглавляет Жигимонт, хотя на момент взятия Полоцка польско-литовскими войсками князь был уже мертв, осадой командовал король Речи Посполитой Стефан Баторий.

---

В действительности конфликт царя и митрополита произошёл 22 марта 1568 года в Успенском соборе Кремля, когда Филипп отказался давать благословение пришедшему в черных ризах и монашеских шапках царю и его опричникам, что вызвало гнев царя. Однако после этого Филипп продолжал проводить богослужения, в частности 28 марта, в Новодевичьем монастыре. Решение о суде над Филиппом по предложению царя приняла Боярская дума. В ноябре того же года состоялся церковный суд. Уже после решения суда Филиппа заставили провести службу, и 8 ноября 1568 года любимец царя Фёдор Басманов во время богослужения в Успенском соборе в Кремле объявил митрополиту о лишении его сана, и опричники сорвали с митрополита одеяния. В фильме же события развиваются на глазах у зрителей в течение пары минут, и в глумлении над Филиппом принимает участие лично царь.

---

По данным историка Н. Костомарова, голову казнённого племянника Филиппу Колычеву прислали в мешке лишь спустя несколько дней после казни, в фильме казнь происходит на глазах у митрополита, и голову племянника ему вручают сразу же после отсечения.

---

В фильме племянник Филиппа говорит: «Нас, Колычевых, всего двое осталось, ты да я», хотя уже после смерти Филиппа были казнены ещё несколько Колычевых.

---

В фильме царь посещает Филиппа перед смертью в монастыре, после убийства опричники сжигают монастырь. Убийство Малютой Скуратовым Филиппа произошло, по мнению большинства историков, в Отрочем Успенском монастыре в Твери в декабре 1569 года; есть также оспариваемые версии, что тот был сожжён на углях в Александрове. Историки не пришли к единому мнению относительно того, что приказ об убийстве был отдан царём. Да и никакой встречи царя и бывшего митрополита перед убийством не было. Согласно ещё одной версии убийство совершил не сам Малюта, а один из его сподручных. После убийства Филипп был погребён за алтарём, приказ вырыть ров был отдан Малютой. Отроч-монастырь не был сожжён опричниками — почти все его постройки были уничтожены лишь сталинским режимом в 1930-е гг.

---

Когда антрополог Михаил Герасимов в 1964 г. работал с черепом и скелетом Ивана Грозного для создания скульптурной реконструкции, он отмечал прекрасную сохранность зубов царя, их ровность, крепкость и неизношенность, а царский персонаж фильма практически беззубый.

---

Фотограф съёмочной группы Алексей Дружинин несколько месяцев спустя после завершения съёмок стал личным фотографом председателя правительства России Владимира Путина и продолжал являться таковым по состоянию на январь 2010 года.

---

Принадлежность одного из героев фильма — немецкого авантюриста Генриха фон Штадена к опричнине и его вхожесть во двор русского царя известны по его мемуарам, но оспариваются рядом учёных.

---

После выхода фильма многие, в том числе православные священнослужители, отрицательно отозвались о возобновлении актёрской деятельности отца Иоанна Охлобыстина. Сам Охлобыстин указал на то, что «суть основной претензии в том, что исполнением роли бесноватого царского шута я соблазняю людей и унижаю священный сан. Первой реакцией было отмахнуться и напомнить, что на постановку фильма режиссёра благословил покойный патриарх Алексий, а моей задачей было лишь точное выполнение поставленной задачи. Но, поразмыслив, я понял, что в прочитанной критике есть определённый резон». В результате в конце ноября 2009 года Охлобыстин обратился к патриарху Кириллу с просьбой отстранить его от служения.

---

Незадолго до официальной премьеры, 2 ноября 2009 года, Союз Православных Хоругвеносцев и Союз Православных Братств провели в Москве пикет в защиту русской истории и культуры, на котором выразили свой категорический протест против фильма, который представляет собой «издевательскую карикатуру на первого Русского Царя», который в картине «представлен в виде сумасброда, маньяка, садиста и параноика», а сам фильм призван «символически оплевать Русскую историю».

---

В роли консультанта режиссёра выступал писатель и богослов Александр Дворкин, защитивший в своё время диссертацию «Иван Грозный как религиозный тип»; он же сыграл эпизодическую роль архиепископа Пимена. Одним из консультантов был также иеромонах Косьма, насельник Донского монастыря (он же работал с Лунгиным и в фильме «Остров»), который привлёк к съёмкам своих друзей-музыкантов — лидера рок-группы «Ривущие струны» Владимира Терещенко, продюсера Олега Ковригу и автора-исполнителя Псоя Короленко. Все они снялись в эпизодических ролях священников в массовой сцене интронизации митрополита Филиппа.

---

Актёр на роль митрополита был утверждён не сразу. По свидетельству Ивана Охлобыстина, именно он порекомендовал Лунгину Олега Янковского как кандидата на эту роль. Готовясь к роли, Янковский встречался с патриархом Алексием II и получил от него благословение на съёмки.

---

Роль митрополита Филиппа — последняя роль в кино Олега Янковского. Актер скончался 20 мая 2009 года, три дня спустя после показа фильма на Каннском фестивале.

---

Главная роль изначально писалась в расчёте на Петра Мамонова. Как заметил Павел Лунгин, ещё на съёмках совместного фильма «Остров» он увидел в Мамонове противоречивого русского правителя.

---

Рабочим названием фильма долго значилось «Иван Грозный и митрополит Филипп». Но в последний момент его всё-таки сократили до более простого и понятного широкой публике и иностранным зрителям.

---

Фильм снимали в Суздале, где специально для этого построили декорацию опричного дворца. Дальнейшая судьба декорации вызвала в городе скандал: никто не хотел брать на себя траты по её демонтажу.

---