Герой Сэмюэля Л. Джексона в фильме имеет «странность» — умеет изменять свой внешний вид, принимая форму разных людей (в том числе и облик психолога). В романе антагонист не имеет такой способности, всё время выдаёт себя за доктора Голана, и даже после разоблачения Джейк называет его по-прежнему «доктор Голан».

---

Когда Джейк впервые приходит в дом мисс Перегрин, она просит Фиону вырастить огромную морковь. Позже, в тот же вечер во время ужина на каждой тарелке лежит огромный оранжевый кусок той же моркови.

---

В саду мисс Перегрин есть куст, фигурно выстриженный в виде динозавра. Это отссылка к одному из ранних фильмов Бёртона «Эдвард Руки-ножницы», в котором главный герой, Эдвард, вырезает динозавра из кустарника.

---

Режиссер Тим Бёртон появляется в фильме в камео: в роли человека, катающегося на аттракционе в сцене сражения пустот со скелетами.

---

Еве Грин очень понравилась трубка мисс Перегрин, так что теперь этот атрибут актриса хранит у себя дома в Лондоне.

---

Часть фильма была снята в Блэкпуле, Великобритания.

---

Остров, на котором происходят основные события фильма, находится в Корнуолле, Англия.

---

Тим Бёртон описал мисс Перегрин как «страшную Мэри Поппинс».

---

По книге доктор Голан – мужчина, в то время как в фильме его сыграла Эллисон Дженни.

---

Дом, где живут дети, — настоящий и находится в Антверпене, Бельгия.

---

Фильм снят по одноименному роману Рэнсома Риггза.

---